Важное обновление после 4.0.88. Обновление после 4.0.88 ОБЯЗАТЕЛЬНО К УСТАНОВКЕ!!!:
В результате обновления 4.0.88, бонусы из суммы заказа стали вычитаться два раза, если нет оплаты с нутреннего счета. Данное обновление решает проблему.
Причина проблемы: битрикс после одного из обновлений стал по разному считать оплату с внутреннего счета, и обычную оплату. Оплата с внутреннего счета не отражается битриксом в итоговой сумме, что вело к проблемам.
В данном обновлении перекрыли этот баг битрикса.